Auteur Sujet: influenza aviaire Sud-Ouest 2016  (Lu 5070 fois)

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Re : influenza aviaire Sud-Ouest 2016
« Réponse #15 le: 09 septembre 2016 à 07:44:58 »
The cleavage site is RRKR in all 3 viruses, as also reported earlier by ANSES.
So, we have no insertion, just more critical amino acids (R,K).
I found only 5 avian H5s at genbank with that cleavage site:
the 3 French and 2 Taiwanese H5N2 chicken from 2012.
To compare: Qinghai H5N1 has cleavage GERRRKKR , which is much longer
and has 4Rs and 2Ks.

Similar HAs at genbank had RETR at the cleavage site, encoded as
AGA,GAA,ACA,AGA or AGG,GAA,ACA,AGA.
Now the French viruses have RRKR encoded as
AGG,AGA,AAA,AGA.
So we had mutations G1018A,A1019G,C1021A , 2 mutations at 2rd position
and 1 mutation at first position. These are rare mutations, most mutations
are at 3rd position.

E:GAA,GAG
T:ACx
R:CGx,AGA,AGG
K:AAA,AAG




18 and 22 differences in HA suggest, that the HP mutations happened
before mid 2014



closest neighbors in the 8 segments:

>A/chicken/France/150169a/2015,H5N1
 171   39 2280 12375 >KM213385,A/ruddy turnstone/Iceland/2899/2013,2013/05/23,Iceland,H5N1,Avian,1
 162   37 2274 12538 >CY183997,A/mallard/Sweden/133546/2011,2011/11/23,Sweden,H10N4,Avian,2
 176   38 2151 12618 >CY185470,A/common Teal/Republic of Georgia/1/2011,2011/09/19,Georgia,H3N8,Avian,3
 337   57 1691   903 >KF462362,A/European teal/Novosibirsk/203/2011,2011/09/03,Russia,H5N1,Avian,4
 146   22 1497 10640 >CY185468,A/common Teal/Republic of Georgia/1/2011,2011/09/19,Georgia,H3N8,Avian,5
  67    3  443   992 >KR862591,A/mallard/Netherlands/20/2013,2013/11/21,Netherlands,N1,Avian,6
 101   10  982  3174 >KF462334,A/common gull/Altai/809/2011,2011/09/03,Russia,H13N2,Avian,7
 179   15  837  3475 >KF260032,A/common teal/Hong Kong/MPD322/2007,2007//,Hong Kong,H11N9,Avian,8




 >A/duck/France/150233/2015,H5N2
 258   59 2280   222 >CY185512,A/mallard/Republic of Georgia/12/2011,2011/02/11,Georgia,H10N4,Avian,1
 250   57 2274 16881 >KP137828,A/harbour seal/Germany/1/2014,2014/10/07,Germany,H10N7,Seal,2
 172   37 2151 13590 >CY184282,A/mallard/Sweden/100878/2009,2009/11/01,Sweden,H11N9,Avian,3
 313   53 1691   903 >KF462362,A/European teal/Novosibirsk/203/2011,2011/09/03,Russia,H5N1,Avian,4
 273   41 1497 12502 >CY165689,A/mallard/Sweden/93211/2009,2009/08/12,Sweden,H4N6,Avian,5
 167   23 1375  2733 >FR873768,A/Teal/Norway/10_1037/2010,2010//,Norway,H3N2,Avian,6
 162   16  982 13233 >CY183800,A/mallard/Sweden/64476/2007,2007/06/07,Sweden,H10N4,Avian,7
 250   21  837  3475 >KF260032,A/common teal/Hong Kong/MPD322/2007,2007//,Hong Kong,H11N9,Avian,8

 >A/duck/France/150236/2015,H5N9
 210   48 2280 12375 >KM213385,A/ruddy turnstone/Iceland/2899/2013,2013/05/23,Iceland,H5N1,Avian,1
 281   64 2272 14426 >CY041344,A/common eider/Netherlands/1/2006,2006//,Netherlands,H3N8,Avian,2
 153   33 2151 12735 >KU161042,A/duck/Sichuan/S4202/2011,2011/11/15,China,H4N2,Avian,3
 337   57 1691   903 >KF462362,A/European teal/Novosibirsk/203/2011,2011/09/03,Russia,H5N1,Avian,4
 334   50 1497  7177 >CY046143,A/mallard/France/061054/2006,2006/11/07,France,H5N3,Avian,5
 226   32 1413  1096 >CY184135,A/mallard/Sweden/50980/2006,2006/10/09,Sweden,H11N9,Avian,6
 152   15  982 13233 >CY183800,A/mallard/Sweden/64476/2007,2007/06/07,Sweden,H10N4,Avian,7
 250   21  837  3475 >KF260032,A/common teal/Hong Kong/MPD322/2007,2007//,Hong Kong,H11N9,Avian,8



differences in 1/100 percent
differences in #nucleotides
nucleotides available
number in database
name
« Modifié: 09 septembre 2016 à 18:36:39 par gsgs »

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Re : influenza aviaire Sud-Ouest 2016
« Réponse #16 le: 24 janvier 2017 à 17:35:17 »

a genbank : A/guinea fowl/France/150207n/2015,2015/12/03,H5N9

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Re : influenza aviaire Sud-Ouest 2016
« Réponse #17 le: 02 février 2017 à 00:09:16 »
Le pèlerinage de Saint Fris, «protecteur des agriculteurs» qui n'avait plus lieu depuis 50 ans, a réuni un long cortège sur fond de «grand désarroi» du monde agricole
http://www.ladepeche.fr/article/2017/01/24/2502985-de-gerbes-fertiles-couvrez-nos-sillons.html
Les plus anciens des pèlerins s'en souviennent comme «du bon vieux temps». Car ça faisait «50 ans au moins» qu'à la Saint-Fris, «le protecteur des agriculteurs», aucun curé n'avait cheminé avec une longue cohorte de pèlerins dans son sillage, entre «la fontaine miraculeuse» et la basilique Saint Fris de Bassoues. Jeune prêtre recteur de cette basilique, l'abbé Arnaud du Cheyron a mis fin dimanche à cette parenthèse de plus de 50 ans.
Bénie par le Pape
«Un pèlerinage exceptionnel pour demander la protection des agriculteurs par l'intercession de Saint Fris, défenseur de la Gascogne» Ainsi était annoncée cette démarche dont le jeune curé n'endosse pas seul la paternité. C'est donc «au conseil pastoral du secteur de l'Astarac, archidiocèse d'Auch, affecté par les épreuves que traverse la population agricole des paroisses Saint-Jean-Baptiste du Mirandais, Saint-Roch d'Arros-Baïse, Saint-Vincent de Paul et Saint Fris» que l'on doit d'avoir partagé cet événement qui a pu effectivement paraître à beaucoup, «d'un autre temps». Au programme : prières, à la fontaine voisine du lac, puis longue procession-ascension chantée, derrière des bannières à la gloire de Saint Fris , vers la basilique où à l'issue de la messe et avant la vénération des reliques dans la crypte, l'abbé du Cheyron a fait savoir, qu'averti de ce pèlerinage par son nonce apostolique, le Pape lui apportait sa bénédiction.»Nous sommes ensemble ce matin pour apporter une réponse spirituelle à toutes les épreuves que vit le monde agricole» nous avait dit l'abbé, pas étonné outre mesure de la présence de la presse locale mais aussi d'une chaîne de télévision. «C'est bien qu'il soit rendu compte de cette communion, de ce succès qui traduisent un grand désarroi», nous dit Henri Calhiol un habitant de Monclar-sur-L'Osse qui parle d'éleveurs de bovins, de producteurs laitiers, de producteurs-gaveurs «en totale désespérance». Plus de 200 personnes avec parmi elles, des agriculteurs, des jeunes et des enfants, ont fait cortège…
 «A nos champs stériles, donnez les moissons, de gerbes fertiles, couvrez nos sillons».
 Une Prière des travailleurs de la terre sans un couplet sur… la grippe aviaire. Mais existait-elle quand Saint-Fris, par ailleurs neveu de Charles Martel, fit, post-mortem, son premier miracle à Bassoues? C'est en léchant «la tombe» de ce chevalier tué par une flèche en 732 qu'une vache fut revigorée, nous apprennent les écrits consacrés à ce saint de Gascogne, imploré dimanche dans un rituel qu'elle avait «oublié» depuis 50 ans.

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Re : influenza aviaire Sud-Ouest 2016
« Réponse #18 le: 04 février 2017 à 11:46:00 »
Cas de grippe aviaire dans l’Ain (ce n'est pas le sud ouest mais les cas se propagent en France )
Ain : deux cas de grippe aviaire confirmés sur des oies sauvages
Par Christian Conxicoeur
Publié le 03/02/2017 à 18:06

Un cas d’influenza aviaire a été confirmé sur deux oies cendrées trouvés mortes sur deux étangs étang des communes de Birieux et de Le Montellier. Deux cygnes trouvés morts sur un étang de la commune de Versailleux portent également des lésions évocatrices de l’influenza aviaire.
20 communes en zone de contrôle temporaire
Par arrêté, le préfet de l’Ain, a donc pris les mesures destinées à prévenir l’apparition d’influenza aviaire dans les élevages : une zone de contrôle temporaire (ZCT) est définie sur les communes situées dans un rayon de cinq kilomètres autour du lieu de découverte des cadavres.

http://france3-regions.francetvinfo.fr/auvergne-rhone-alpes/ain/ain-deux-cas-grippe-aviaire-confirmes-oies-sauvages-1190071.html