Forum Influmation

MEDECINE,SCIENCES FONDA H5N1 => PETITS TRAVAUX VIROLOGIQUES => Discussion démarrée par: anne le 29 novembre 2006 à 19:42:44

Titre: virus irakiens
Posté par: anne le 29 novembre 2006 à 19:42:44
ISDN140053  A/Iraq/1/2006 HA (4) 1659   2006  H5N1     
      DQ435202 A/Iraq/207-NAMRU3/2006    HA (4)    1647 2006 H5N1     
      ISDN140059    A/Iraq/659/06    HA (4)    1691    2006    H5N1     
      ISDN140060    A/Iraq/754/06    HA (4)    1702    2006    H5N1     
      ISDN140052    A/Iraq/755/2006 HA (4)    1692    2006    H5N1     
      ISDN140061    A/Iraq/756/06    HA (4)    1696    2006    H5N1

ce sont des prelevements humains

Submitted (Apr 24, 2006, 15:41 GMT), WHO Influenza Centre, National Institute for Medical Research, WHO Influenza Centre National Institute for Medical Research The Ridgeway Mill Hill London NW7 1AA UK
Titre: virus irakiens
Posté par: Gänseerpel le 30 novembre 2006 à 12:03:04
Est-ce qu'il n'y a que la HA publiée? Sorry pas eu le temps de regarder...
Titre: virus irakiens
Posté par: anne le 30 novembre 2006 à 12:21:21
ISDN140029      A/Iraq/1/2006      PB2 (1)      2280       2006      H5N1     
ISDN140028    A/Iraq/755/2006    PB2 (1)    2278    2006    H5N1

on a PB2 et PB1, NS1  pour deux virus
pour le reste je n'ai pas regardé
je n'ai pas trop le temps non plus..
en plus, je dirais que le forum deménage pour aller ailleurs...
Titre: virus irakiens
Posté par: Gänseerpel le 30 novembre 2006 à 17:26:31
Il pourrait s'agir des sequences dont Niman a parlé. Celles retenues par l'OMS.
Titre: virus irakiens
Posté par: Gänseerpel le 30 novembre 2006 à 17:42:12
Ou as tu trouvé les no d'accession?
En cherchant chez Genbank (Human) je trouve:

 ABD66293 549 Human 4 (HA) H5N1 Iraq 2006 Influenza A virus (A/human/Iraq/207-NAMRU3/2006(H5N1))    

et à los Alamos ca:

DQ435202  A/Iraq/207-NAMRU3/2006  HA (4)  1647  2006  H5N1    
DQ265714  A/Iraq/34/2005  HA (4)  1000  2005  H3N2  

et strictement rien d'autre
Titre: virus irakiens
Posté par: anne le 30 novembre 2006 à 17:42:19
LOS ALAMOS

oui, ce devait etre des sequences retenues..
j'aurais bien aimé, avoir les sequence des la jeune fille et de son oncle
la on ne sait pas ce que c'est
Titre: virus irakiens
Posté par: anne le 30 novembre 2006 à 17:46:52
ah, comment fais tu pour avoir les N° en DQ ?

ISDN140053       A/Iraq/1/2006      HA (4)      1659       2006      H5N1     
      DQ435202    A/Iraq/207-NAMRU3/2006    HA (4)    1647    2006    H5N1     
ISDN140059    A/Iraq/659/06    HA (4)    1691    2006    H5N1     
ISDN140060    A/Iraq/754/06    HA (4)    1702    2006    H5N1     
ISDN140052    A/Iraq/755/2006    HA (4)    1692    2006    H5N1     
ISDN140061    A/Iraq/756/06    HA (4)    1696    2006    H5N1     
ISDN215629    A/Mergus albellus/Slovakia/Vh212-06 /2006    HA (4)    521    2006    H5N1

je t'encadre les irakiens des virus precedents et suivants

qu'est ce que c'est que ce slovaque qui apparait ?
Titre: virus irakiens
Posté par: Gänseerpel le 30 novembre 2006 à 17:49:58
Los Alamos est vraiement de la ....

Si tu mets any segment, human, IRQ, country tu obtiens wue les deux sequences HA, mais en mettant le no d'accession tu obtiens la PB2
Titre: virus irakiens
Posté par: Gänseerpel le 30 novembre 2006 à 17:54:20
Comment fais-tu pour obtenir ces resultats? Tu entre par "search" à L.A.?
Titre: virus irakiens
Posté par: anne le 30 novembre 2006 à 17:58:40
Search    
Flu Species: A B C      je coche A   
je choisis le segment ( en general  HA pour voir )
human
   
Refine    
NOT   Any of: je marque H5n1

mais c'est sur que c'est moins bien que gen bank...:-)
sch

il fait quoi ce morceau de HA slovaque ???
Titre: virus irakiens
Posté par: Gänseerpel le 30 novembre 2006 à 18:10:49
Merci, T'es géniale!

       ISDN140080    A/Iraq/1/2006    NP (5)    1422    2006    H5N1     
       ISDN140089    A/Iraq/1/2006    MP (7)    951    2006    H5N1     
       ISDN140043    A/Iraq/1/2006    PA (3)    2179    2006    H5N1     
       ISDN140068    A/Iraq/1/2006    NA (6)    1350    2006    H5N1     
       ISDN140097    A/Iraq/1/2006    NS (8)    808    2006    H5N1     
       ISDN140036    A/Iraq/1/2006    PB1 (2)    2274    2006    H5N1     
       ISDN140053    A/Iraq/1/2006    HA (4)    1659    2006    H5N1     
       ISDN140029    A/Iraq/1/2006    PB2 (1)    2280    2006    H5N1     
       DQ435202    A/Iraq/207-NAMRU3/2006    HA (4)    1647    2006    H5N1     
       ISDN140059    A/Iraq/659/06    HA (4)    1691    2006    H5N1     
       ISDN140060    A/Iraq/754/06    HA (4)    1702    2006    H5N1     
       ISDN140028    A/Iraq/755/2006    PB2 (1)    2278    2006    H5N1     


   ISDN140035    A/Iraq/755/2006    PB1 (2)    2292    2006    H5N1     
       ISDN140042    A/Iraq/755/2006    PA (3)    2173    2006    H5N1     
       ISDN140052    A/Iraq/755/2006    HA (4)    1692    2006    H5N1     
       ISDN140079    A/Iraq/755/2006    NP (5)    1431    2006    H5N1     
       ISDN140067    A/Iraq/755/2006    NA (6)    1371    2006    H5N1     
       ISDN140096    A/Iraq/755/2006    NS (8)    813    2006    H5N1     
       ISDN140061    A/Iraq/756/06    HA (4)    1696    2006    H5N1     

En faisant comme tu dis j'obtiens 1531 "records, c'est ca?

Je comprends pas l'astuce avec le slovaque.
Titre: virus irakiens
Posté par: anne le 30 novembre 2006 à 18:20:04
c'est encore mieux comme tu fais, car tu as tous les segments alignés
Titre: virus irakiens
Posté par: Gänseerpel le 30 novembre 2006 à 21:25:42
OK je me permets de résumer:

LOS ALAMOS Search machine
http://www.flu.lanl.gov/search/

1) Cocher A
2) Segment: any/?
3) Host: Any/?
4) Any of : H5N1 Allfields
    Alternativement: "IRQ +  "country (mais ca ne fonctionne pas)
5) Results per page: 1000 (important, sinon tu te perds en feuilletant à bloque à bout de force.)
Titre: virus irakiens
Posté par: anne le 30 novembre 2006 à 22:01:32
3) human
je n'ai pas "country"
Titre: virus irakiens
Posté par: Gänseerpel le 30 novembre 2006 à 22:30:33
Oui OK.
Country tu obtiens en ouvrant le "pull down menu".

Pour mettre le pays il faut utiliser les "ISO standard 3-letter abbreviations" dont tu trouve le code ici: http://unstats.un.org/unsd/methods/m49/m49alpha.htm

En guise de Chine il faut donc mettre CHN, en guise d'Iraq IRQ, South Africa => ZAF etc etc

Mais j'ai la forte impression que qu'il y a un "bug" dedans.
Quand tu mets

A - human - any segment (ou HA) IRQ - country, tu n'obtiens que les deux resultats que j'ai mis plus haut.

Si tu mets " PB2 (au lieu de "any segment) tu n'obtiens que dalle.

Plus le truc bizarre du slovak qui figure parmi les humains.