H1N1 peut etre " ancien" / origine des genes/ PB2 possibilité mutation

[angelina]

Le virus H1N1 pourrait circuler chez l'homme depuis l'automne dernier

Morning Edition, May 7, 2009 · A crash effort to analyze the genes of the swine flu virus has revealed that it first emerged in humans last year — most likely last fall.

"The consistent range we're getting out is the second half of last year — between June and December," says Oliver Pybus of Oxford University. "The best estimate is the middle of that range, kind of September."

That means the newly recognized virus has been hiding in plain sight for the past eight months or so. Researchers say it probably had been circulating in Mexico and causing disease there, but its presence was masked by cases of regular flu and the absence of lab tests to identify the newcomer.


http://www.npr.org/templates/story/story.php?storyId=103858702

[anne]

c'est reparti pour la généalogie   voir schéma en bas de post

angelina, nous avons bien compris qu'il y a de grandes discussions sur la phylogénie de ce virus

Nous laissons ce travail aux spécialistes qui s'y sont attelé,
 ce n'est pas notre job


juste attirons l'attention que dans les articles precedents certains doutaient du CDC, de leur analyse virale , du fait que le CDC n'avait pas mis en ligne les sequences virales mexicaines etc..qui ont été mises sur le GISAID en fait,..

 Tout ceci n'a aucun interet particulier pour l'instant, sauf pour les virologistes chevronnés

n'importe qui va vouloir analyser les sequences, ( avec des logiciels ) faire des arbres ( avec des critéres incertains ) etc... ca a deja commencé.


un article paru en free, dans le journal de virologie



Different evolutionary trajectories of European avianlike
and classical swine H1N1 influenza A viruses

http://jvi.asm.org/cgi/reprint/JVI.02565-08v1
J. Virol. doi:10.1128/JVI.02565-08
JVI Accepts, published online ahead of print on 18 March 2009


un texte, des dessins, des arbres phylogénétiques etc..

un excellent sité signalé par michael coston  regardez le schéma que j'ai ramené sur la composition interne du virus


http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/wiki/0870c/Useful_References.html


All analysis should be considered preliminary and results are conditional on the correct labelling and annotation of genetic sequences. Additionally, results may be influenced by limited and biased sampling of isolates. Given the rapid posting of these data, we expect corrections to be made.

résultats et analyses sont préliminaires.. les resultats peuvent etre biaisés par le prelevements des isolats.

[angelina]

J'ai bien saisi que les discussions phylogénétiques ne nous apportent pas grand chose. Jenotais seulement dans cet article l'info sur le fait que la grippe A circulait dans la population peut-être depuis l'automne dernier.

[anne]

on verra bien ce qu'ils diront plus tard..
j'ai mis tes articles de coté, en reserve
mais ce site a l'air trés serieux
j'ai l'impression que pas mal de gens donnent un sacré coup de collier depuis un moment. 

[catquart]

le panorama du médecin de cette semaine (N°5143, 4 mai 2009) titre en gros sur sa Une : "grippe porcine, l'alerte"

deux articles à l'intérieur :

l'un qui rappelle que la pandémie est "imminente" selon l'OMS, et que la France serait "bien préparée,
cet article fait état, "à l'heure où nous mettons sous presse", disent-ils de 150 personnes décédées au Mexique et une atteinte essentiellement des adultes jeunes dans les autres pays.

L'autre article est une interview de Bruno LINA, professeur de virologie, directeur du Centre National de référence de la grippe France-sud et président du groupe d'expertise et d'information sur la grippe. C'est un peu technique mais je pense quand même utile de le résumer pour ceux que cela intéresse/

il s'agit d'un virus totalement nouveau, hybride, comportant 5 segments de gènes venant de virus porcins, deux de virus aviaires et un de virus humain.
les deux protéines antigéniques de surface, déjà décrites chez le porc, ne s'étaient encore jamais retrouvées ensemble dans un même virus. on ne connaît pas l'origine de celui-ci mais c'est un virus "compliqué" car il mélange de manière assez étonnante des gènes de virus plutôt présents en Europe et d'autres plutôt présents sur le continent américain. Tout indique que c'est un virus bien adapté à l'homme.

le premier cas remonte vraisemblablement à plusieurs mois avant l'épidémie que l'on sait au Mexique trois cas à virus identique avaient été décrit avec un virus porcin aux Etats Unis, deux en Californie et un au Texas.

personne ne peut prédire comment va évoluer le virus, s'il évolue très vite, cela signifie qu'il continue de s'adapter à l'homme, pour favoriser encore plus sa transmission. mais ion a l'impression qu'il dispose déjà aujourd'hui d'un potentiel de transmission important, vu la rapidité avec laquelle il se répand.
S'il n'évolue pas vite, cela peut faire penser qu'il n'est pas encore parfaitement adapté, et cela peut être un argument pour intervenir de façon encore plus ciblée pour essayer de circonscrire sa diffusion dans les quelques pays où il a été isolé.
Mais, en ce moment, nous n'avons aucune preuve qu'il évolue + ou - rapidement, et il est probablement à l'heure actuelle dans une phase de stabilisation.
Nous n'en sommes encore qu'au tout début

efficacité des vaccins de la dernière campagne : quasi nulle

difficile de calculer des indices de mortalité sur de petites séries, et les patients décédés avaient peut-être des facteurs de risque

cela resemble aux pandémies de 1957 et 1968 avec deux fois plus de morts qu'avec la grippe saisonnière en 1968 et quatre fois plus en 1957.

ce virus est sensible, on le savait au tamifu et au relensa

quant au vaccin,
 Cette souche potentiellement vaccinale ne semble pas poser de problèmes particuliers de production, à l'inverse de H5N1. il est envisageable que les premiers lots de vaccins soient disponibles trois mois après la mise à disposition du candidat-vaccin (prévue dans le courant du mois de mai) soit en août et septembre et, en attendant on peut utiliser les anti-viraux

alors, ma conclusion personnelle est restons vigilants

[mum]

merci catquart

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